不動産登記のオンライン申請が始まった当初は、申請情報と併せて送信したPDFファイルによる登記原因証明情報と、あとから提出した登記原因証明情報の原本とが異なる場合は一律に登記申請が却下されるとの認識でした。

申請情報と併せて送信するべき登記原因を証する情報を記録した電磁的記録の提供がないときは、法第25条第5号の規定により申請を却下するものとする。特例方式により提出された登記原因を証する情報を記載した書面の内容が、申請情報と併せて送信された登記原因を証する情報を記録した電磁的記録の内容と相違するときは、法第25条第5号の規定により申請を却下するものとする（平成20年1月11日民二57）。

しかしながら、登記原因⼜は登記事項に関係がない部分の字句の訂正については⼀律却下とはしないとの取り扱いにされるようになっています。現在の法務局における取り扱いにおいても、書面申請で可能な訂正はオンライン申請でも同様に訂正できるとされているようです。

ＰＤＦファイルに記録された登記原因証明情報の内容について字句の訂正がある場合でも，訂正箇所が登記原因又は登記事項に関係のない部分にすぎない場合には，当該ＰＤＦファイルにつき，適法なＰＤＦファイルの提供があったものとして事務処理を行うこととする。登記原因又は登記事項に関する部分に訂正又は記載の遺漏があったものと認められる場合は，取下げの機会を与えた上，不動産登記法第２５条第５号の規定により却下するものとする（平成20年12月12日日司連発第1685号）。

上記は、法務省民事局民事第二課からの連絡を受けて、日司連から通知されたものですが、この連絡事項の中には「ＰＤＦファイルの内容が破損していたり，いわゆる文字化けをしていたりすることによって，その記録内容を登記所側で確認することができない場合」についての取り扱いも示されています。